El IVA es un impuesto que los soporta en su integridad el consumidor final, los intermediarios comerciantes , solo son recaudadores de dicho impuesto y tanto los márgenes como los impuestos del IRPF se regulan por los NETOS ( sin IVA).
Si tu adquieres un producto por 500 euros y lo vendes por 600 , le aplicas un margen del 20%.
Cuando emites la factura de 600 le incrementas el IVA (21%)= 126 euros que lo tienes que declarar como IVA Repercutido y si el pagador esta obligado a retener le pones también en factura una retención (21%)= 126 euros que deduces en factura , quedando un total a cobrar de 600 euros.
Esta retención que le deduces en factura al cliente, este lo ingresa en Hacienda a tu nombre, como pago entregado a cuenta de tu liquidación final (Declaración), en este momento esta retención como es un pago adelantado minora la Cuota Tributaria que te resulte.
Por la compra de este producto en 500 euros , el proveedor te factura un IVA (21%)= 105 euros que te incrementa en la factura . En tu liquidación de IVA que realizaras trimestralmente declaras por un lado el IVA repercutido ( 126 euros) y por otro el IVA soportado (105 euros) , como tienes que liquidar la diferencia , pagas a la Hacienda por el IVA = 21 euros.
Puedes observar que el beneficio de 100 euros (20%) es la base que actúa para el IVA a tu cargo que es 21 euros ( el 21%).
Las retenciones son entregas que realizas por adelantado a la Hacienda y que se regulariza cuando presentas la Declaración , donde si has pagado de mas la Hacienda te devuelve el exceso y si no supera la Cuota Tributaria tendrás que pagar la diferencia.
Saludos