Autonomo societario denegada devolución ingresos indebidos y tarifa plana

Soy arquitecto y estoy dado de alta en hacienda como autonomo profesional como tal. Antes cotizaba en mutua hna, no en seguridad social. Después cree una sociedad con una actividad totalmente distinta de la que soy administrador único y tengo 50% de las acciones. Para ser autonomo societario me cambie a RETA en seguridad social. No me dejaron tarifa plana por ser societario. 
Ahora me deniegan devolución de ingresos indebidos de tarifa plana para autonomos societarios, según me dicen por teléfono,  porque mi actividad como autónomo no coincide con la actividad de mi empresa.
¿Alguien sabe si esto es así?
Gracias.