Maternidad y sustitución - Autónomos

Trabajar y facturar no es lo mismo.
Una cosa es que ante la seguridad social estés de baja, y por tanto no puedas trabajar, tú como persona. Otra cosa es que ante hacienda, los clientes y el mundo en general, tú como empresa, pases a estar inactiva.
Obviamente en las posibles facturas que emitieses, nunca podría reflejarse en el cuerpo u objeto de la factura que corresponde a algún tipo de prestación de servicios personales tuyos, pues no puedes.
Pero en todo el resto de actividades de índole económica, tu baja por maternidad no implica la desaparición temporal de ti como empresa.
Por ejemplo, en eso que comentas del alquiler, supongo que aplicas una retención a lo que pagas de renta (el 19 %). Aunque estés de baja por maternidad, seguirás aplicando retención, sigues de alta en el censo de retenedores y obligados tributarios de hacienda.
No veo problemas en que le repercutas, factura mediante, unos costes a la colega que te suplirá durante tu baja. Precisamente el objeto o descripción de la factura sería una demostración o acreditativo que no estás siendo tú la que prestas servicios personales.

Veo algo confuso que sea ella la que facture a cliente final, ya que entonces tu factura contra ella ¿a título de que sería? ¿Un subarriendo de consulta?
Yo me plantearía seguir siendo tú quien formalmente emita la factura a cliente final (pues sigue siendo tu consulta y tus clientes), y sobre cada una de esas facturas, que ella te facture sus propios honorarios del 65 %.

¿Pero no se supone que durante una baja maternal no se pueden emitir facturas de ningún tipo?
 Yo me encuentro en una situación similar, con proyectos a largo plazo planteados a clientes y la posibilidad de subcontratar el servicio. Pero a todas las personas que pregunto me dicen que no es posible realizar facturación alguna durante la baja.