Despido trabajador con IT

Buenos días 
Me han encargado el tema de laboral de una empresa y no se muy bien como hacerlo ya que laboral no es lo mio
El trabajador como se le debe atrasos este mes de abril no ha ido a trabajar, y la empresa no le ha dado de baja.
Ahora le quiere despedir pero el trabajador ha mandado el parte de baja médica por enfermedad comun

No se que hacer, si tramitar la baja medica o darle de baja en seguridad social. 
La empresa se dedica al transporte y no se si se puede despedir o presentar ERTE 
No se si alguien me puede ayudar. 

Un saludo

Que esté de baja no es impedimento para un despido. Eso sí, hay que razonarlo y justificarlo muy bien, pues si no, podría parecer una discriminación por enfermedad.
Explicas que el trabajador ha dejado de cumplir su obligación de asistir al trabajo (tenga o no causa justa). Por ahí, por absentismo prolongado, podría fundamentarse un expediente disciplinario que concluyese en despido.
Una vez de baja, si sigue en IT, pasa a pagar la mutua.

y me puedes explicar que es lo que tengo que hacer, han dejado la otra  asesoría.
Yo les he hecho varias consultas pero no me responden y ando un poco perdida 

se me olvido preguntarte si tengo que tramitar la baja médica, que por cierto tampoco se muy bien como hacerlo, miraré manuales.
Tendría que cotizar por todo el mes de abril por la base mínima?

Gracias por tu respuesta

¿Red directo o SILTRA?
Yo tengo por la mano Red directo, pero no SILTRA. Sirve para hacer lo mismo, pero son caminos diferentes.

Baja IT, si es Red directo, notificarla y tramitarla en donde corresponde.

Despido, lo primero saber que es lo que quiere hacer la empresa, y advertirles de lo que les puede costar. Si no se hacen bien las cosas, tenemos un improcedente de libro, 33 días año de indemnización.
Si se opta por expediente disciplinario, hay que mirar el convenio, ver que estipula en el régimen disciplinario, sino hay que irse al estatuto de los trabajadores, y proceder. Antes de despedir (y dar de baja en SS), hay que ver todo eso de la notificación, periodo de alegaciones etc etc. Salvo que la cosa sea por liarse a trompazos con un jefe o un comañero de trabajo, lo normal es que un trabajador tenga derecho a defenderse de un expediente disciplinario.
Y habría que ver si la empresa o la anterior gestoría hizo lgo, notificando o comunicando.....