Me hicieron darme de alta en autonomos en una empresa y creo que es ilegal [SERIO]

Hola a todos, vereis hace unos 3 años estuve trabajando en un centro de electroestimulacion como monitor.

El caso es que yo iba a distintas horas, en funcion de si habia entrenamientos o no (unas 20 horas solia hacer semanalmente) , y me dijeron que tenia que estar dado de alta en autonomos, estuve asi durante 1 año sin prestar otro tipo de servicio como autonomo, y luego otro tiempo ya con contrato.

El caso es que mirando un poco he visto que eso parece ser que es ilegal, decir que la empresa ha cambiado de dueños ya dos veces y por tanto mi problema seria con los primeros dueños.

Alguien sabe si puedo denunciar esta situacion? porque ahora por ejemplo me queria acoger a la tarifa plana y por esta gracia no voy a poder hacerlo, ya que quiero volver a ser autonomo, en tal caso me compensaria hacerlo? y que podria reclamar?

Comentar tambien que me acabaron echando porque la empresa tenia bastantes perdidas.

Gracias por vuestra sabiduria.