salvo que el cobro sea de una aseguradora contratada por la empresa para cubrir la responsabilidad del empresario en caso de accidente laboral (esto es, tu incapacidad deriva de accidente), creo que tributa en cualquier caso lo que cobres como rendimiento irregular del trabajo (con reducción del 30%), ya sea que te lo paga la empresa o la aseguradora por enfermedad, o la empresa por el convenio colectivo aunque haya sido un accidente.
ejemplo de caso de indemnización por accidente con convenio colectivo y sin aseguradora ni decisión judicial sobre la indemnización, se considera sometida a tributación como rendimiento irregular del trabajo:
http://petete.minhafp.gob.es/consultas/?num_consulta=V1578-17