Baja cuenta ajena y trabajar autonomo

Buenos días,

Trabajo a jornada completa por cuenta ajena y además estoy dado de alta en autónomos donde realizo una actividad completamente diferente.

El caso es que he cogido la baja en mi trabajo por temas relacionados con este (bajá psicologica) y mi duda es si puedo seguir trabajando como autonomo o también he de coger la baja.

Un saludo y gracias.