Tanto si lo sacas del padrón de tu vivienda como si continúa como miembro de tu unidad siendo autónomo, tienes que informar a la seguridad social... pues es obligatorio informar de cualquier cambio que afecte al Imv.
En cuanto a cómo afectará que se haga autónomo a vuestra unidad familiar, pues supongo que afectará a la cuantía que cobráis. Si cuando hagáis la próxima declaración de la renta conjunta superais el máximo permitido, imagino que os quitarán/reducirán la prestación cuando actualicen a finales de año.
La verdad es que es una pregunta complicada y me has hecho dudar, jajaja. A ver si alguien más se anima y da su opinión 👍