En mi caso (compra por internet) lo de tener cuenta en el BdE creo que funciona simplemente como un Id de usuario, te dan un nº de 10 dígitos pero no un IBAN. Al menos yo no lo encuentro.
No conozco la posibilidad de hacer adeudo. Además, en cada compra que haces, la cuenta a la que hay que transferir es diferente. En cada boletín figura el nº de IBAN al que hay que transferir el dinero y es diferente de cada vez. Esto obliga a repasar bien lo que haces, ya que no puedes guardar la transferencia en "Favoritos" de tu banco.
Yo las hago desde Abanca, a primera hora (dentro de la 1ª hora de corte). Normalmente llega el dinero el mismo día a cualquier entidad, pero no sé cuando llega al BdE (intuyo que también el mismo día), pero en la posición integral de la web del Tesoro no aparece la recepción de la transferencia hasta 2 días después. También te mandan un e-mail para confirmar la recepción, pero se refleja antes en la posición integral. Por curarme en salud considero que para el plazo de 2 días antes se tiene en cuenta la fecha en que ellos confirman recepción, tal vez internamente ya la registren pero no sé si validarían el plazo, prefiero ser previsor.
Si quieres echa un vistazo a #87 de este hilo donde se ve visualmente el tema de las fechas