Cualquier valor negociado en mercados es un título que tú posees. La gestora, banco, o agente que realiza las compras en tu nombre es mera intermediaria. Por tanto si quiebra, tú te quedas con las acciones que te compró.
Pasa igual con los ETFs y fondos? Depende. Mira el informe semestral y trimestral del fondo, o quizás el anual, dependiendo de la gestora. Ahí dice qué es lo que está comprando el gestor. Eso es lo que te pertenece y de lo que compras una participación.
Si el ETF o el fondo se compone de acciones, te pertenece una parte de ellas, o bien entera, o bien en efectivo una vez se liquiden. Pero si el ETF o fondo se compone de productos derivados, tales como futuros, dependerá de si estos productos se negocian en mercados líquidos (p.ej. futuros IBEX) o no. En el primer caso, si quebrase la gestora tendría que venderlos y recibirías la parte proporcional. En el segundo caso, la contrapartida tiene que cumplir -- si es el propio banco o una filial en el extranjero, como ocurre en muchos ETFs emergentes, podría haber problemas en caso de que la institución quebrase en su conjunto.
Lo mejor es leer los informes periódicos que publican estas gestoras y decidir en consecuencia. Personalmente nunca me he sentido incómodo por adquirir ETFs emergentes de Lyxor a pesar de que sé que contienen una parte importante de derivados (7 a 10%), como se comentó en el foro: esa parte es pequeña y está respaldad por un 93-90% de acciones de un mercado líquido, el Eurostoxx, creo recordar.