Si comparas por fundamentales empresas de distintos sectores o de tamaño muy desigual, emplear los ratios que expones, como el PER, ROE, o EBITDA, no es correcto, puesto que las empresas no son comparables entre si por este tipo de ratios.
Si como dices lo que estas analizando es una empresa en la que invertir, lo normal es que compares empresas similares para escoger aquella con mejores perspectivas de futuro, con mejor progresión del PER o del EBITDA. Sino comparas, no tiene mucho sentido hacer un análisis de este tipo de manera aislada.
Desde mi punto de vista, el análisis fundamental se emplea para escoger una empresa en la que se pretende invertir, de entre varias opciones, y luego emplear el análisis técnico para decidir en que momento y a que precio invertir.