El abono de la transferencia depende del banco que la recibe.
Si están hechas antes de las 5 o las 6 como dicen por ahí cuentan como transferencias de ese día, por lo que el banco emisor carga en la cuenta del cliente el dinero y manda la compensación al banco de destino.
El banco de destino "recibe" el dinero al día siguiente. Aquí es donde algunas entidades abonan sobre la marcha en la cuenta del cliente y otros no y así juegan con el dinero un día, abonándolo al día siguiente de recibirlo, es decir, dos días después de haber hecho la transferencia.
Comentas que has hecho dos transferencias desde Banco Popular-e y una ya aparece en el banco de destino y la otra no. ¿Eran a la misma entidad? Probablemente no. Y recalco lo de probablemente, no me vaya a pasar de listo.