Supongo que alguien que trabaje habitualmente en el tema te podrá contestar mejor, pero por de pronto veo :
1) Si te has desgravado la totalidad de lo pagado en una hipoteca unificada de primera + "segunda" vivienda (apartamento en la playa), has cometido un error, porque solo puedes desgravarte por la financiación de la primera vivienda, y tenías que haber calculado la proporción real en que cada una de las viviendas forma parte de la hipoteca unificada. Por aquí pueden pillarte.
2) Lo de pedirte el certificado de empadronamiento puede ir por este camino -demostrar que la vivienda playera no es tu vivienda habitual-, o porque duden de que vives en tu vivienda habitual. No lo podemos saber.
3) Normalmente, cuando te envían una notificación, es que tienen claro que te tienen pillado por los "cataplines". Y además, suelen ser "impermeables" a las alegaciones.
4) Si, finalmente, te hacen una paralela, devuelves lo incorrectamente desgravado + intereses de demora sobre ese dinero (calcula 5% anual), contando los años-meses-días transcurridos desde el final de plazo de presentación de la declaración errónea + además, una multa, que dependerá de lo defraudado, pero échale 400-600 pavos, como media. Te descuentan bastante por pronto pago, eso sí.
5) Por cierto, si no aceptan tus alegaciones y, dado que mandan las notificaciones con bastante retraso -tres años y pico, antes de que prescriban-, ten en cuenta QUE TUS DECLARACIONES POSTERIORES ESTÁN TAMBIÉN MAL, si hiciste lo mismo en todas las declaraciones (es decir, desgravar por la totalidad de la hipoteca mixta "primera + segunda vivienda"). Por tanto, intenta "regularizarlas" voluntariamente haciendo complementarias, a no ser que quieras que te manden una notificación y te pidan devolución de lo desgravado + intereses de demora + multa, CADA AÑO DURANTE LOS PRÓXIMOS TRES AÑOS. Aún así, de la devolución + intereses no te salva nadie.
En fin, mucha suerte... pero mi primera impresión de tu problema es mala...
Saludos.
Postdata : releyendo tu post, parece que te están revisando la última declaración... lo cual es inusual, si el motivo de revisarla fuera el que hemos comentado, porque te tenían que haber "detectado" mucho antes. No obstante, las declaraciones previas, si son erróneas por ese motivo, tampoco han prescrito todavía. Entérate bien de la causa por la que te revisan, y otro día lo comentamos. Saludos.