Facturación e impuestos sobre la comisión o a todo?

Hola gente, la empresa recibe un dinero pero que solo parte de él es comisión y el resto es enviado a otras personas (servicios de terceros), la empresa seria intermediaria en este caso. Entonces mi pregunta es, que tipo de impuestos se aplican, y si es solo a la comisión? (IVA, impuestos sobre la renta etc..) o a todo el dinero recibido? a pesar de que el resto no es beneficio de la empresa.

¿Como puedo justificar?, que.. la empresa solo se queda con la comisión (beneficio), y el resto se "guarda" (no se toca) y se es enviado a otras personas en ciertos plazos.

Muchas gracias, quisiera saber que opciones tengo.