Vamos a ver, creo que tienes que distinguir 2 operaciones distintas:una relacionada con los rendimientos del trabajo, y otra con un posible rendimiento del capital:
1)La percepción por parte de tu empresa de una remuneración. De cara a la Hacienda pública, ya sea española o francesa, la remuneración va a tener una valoración fiscal, sobre la que luego pagarás x impuestos, pudiendo ser 0.
Por ejemplo, si en España tu empresa te entrega 200 acciones gratuitas, se valoran al precio de mercado si es una empresa cotizada en el día que te las entregan. Por ejemplo, 10 euros/acción: has recibido 2.000 euros. La ley en España marca unas condiciones como que las acciones se hayan ofrecido a todos los empleados y que se conserven durante un tiempo para que esta remuneración en especia está exenta de tributar. En cualquier caso, su valor de adquisición sería 2.000 euros.
De igual manera, lo que la empresa depositase en la cuenta de empresa de la que hablas, debería tener una valoración del día que te abrieron la cuenta, con independencia de que por haber pasado un tiempo sin retirar el dinero, no tengas que pagar impuestos por la remuneración que recibiste como trabajador, de acuerdo a la legislación fiscal francesa que te aplicaba en el momento de la entrega.
2)Posteriormente, en el caso de las acciones recibidas gratuitamente, las vendes por 2.500 euros. Como el valor de adquisición fueron 2.000, has tenido una ganancia patrimonial de 500 euros.
Igualmente, entiendo que al retirar el dinero de tu cuenta de ahorro, puede que haya una diferencia entre lo que has retirado y la valoración fiscal de lo que te entregó la empresa. Esa diferencia es lo que tienes que declarar ahora en España, ya que eres residente aquí. Si te valoraron lo depositado en la cuenta en 1.000 euros y ahora has retirado 1.200, has tenido 200 euros que entiendo es un rendimiento del capital mobiliario. Si te lo valoraron en 1.200 y has retirado 1.200, el rendimiento es 0 y no tienes que declarar nada. Dices que esos intereses en Francia están exentos, pero es que ahora estás sometido a la ley española, que es la que te aplica en el momento que has retirado el dinero de la cuenta, mientras que cuando la empresa depositó la remuneración en especie en la cuenta, sí estabas sometido a la ley francesa y aplicaría la exención a la valoración incial.