Hola,
Te separo el asunto en partes, porque van por vías distintas:
1. Los tres primeros días no pagan un 50%. En una baja por contingencia común (enfermedad común o accidente no laboral), los días 1 a 3 no generan prestación: se cobra el 0%. A partir del día 4 se cobra el 60% de la base reguladora, y desde el día 21, el 75%. Ese 50% que mencionas vendrá, si acaso, de una mejora de tu convenio, no de la Seguridad Social.
2. Sobre que te lo "descuenten": el Supremo lo cerró en enero de 2026. Dos sentencias —de 14 y 16 de enero de 2026— aplican la Ley 15/2022 (la enfermedad no puede ser causa de discriminación) y declaran nulas las cláusulas que penalizan las ausencias por IT: la de 16/01/2026 anula descontar las jornadas de IT del cómputo para la retribución variable, y la de 14/01/2026 anula la cláusula de convenio que retiraba el complemento de asistencia a quien faltaba más de 3 días por IT común. Lo que sí se puede computar son las ausencias injustificadas, pero no las de incapacidad temporal.
3. Los complementos (productividad, asistencia, desempeño). En la misma línea: si son variable o dependen de la asistencia, no se pueden descontar por una baja. El de desempeño, si es retribución variable, tampoco.
4. Cómo comprobar tu nómina. Pide el desglose. La base reguladora diaria de la IT por contingencia común es la base de cotización por contingencias comunes del mes anterior dividida entre 30. Con ese dato y los tramos 0/60/75% puedes reproducir el cálculo y ver si el descuento cuadra.
Un saludo.
