Factura de anticipo

Hola, he creado una empresa de construcción y necesito saber si cuando un cliente me hace una transferencia por un trabajo por adelantado debo hacerle factura o hacer al final la factura total. En caso de hacer factura por el anticipo ¿como lo reflejó en dicha factura y en la factura final?
Gracias

Es obligatorio hacer factura por los pagos anticipados. Además hay que repercutir el IVA. 
La factura se hace con una serie distinta a las facturas de ejecución. Debe decirse en ella que es un anticipo. En la factura final se hace referencia a las facturas de anticipo y se resta su importe para obtener el importe a pagar al finalizar. Cuidado con el IVA para no cobrarlo mal.

¿Con una serie distinta? ¿No se sigue el orden correlativo de numeración? Ejemplo 1525 1725 1825(factura de anticipo) 1925 2025( factura con el resto de presupuesto restando la factura de anticipo)?

No es obligatorio usar una serie distinta para los anticipos, aunque es recomendable.
Lo que sí es obligatorio es que la numeración sea correlativa sin saltos. En el ejemplo que pones no son correlativas, salvo que no lo haya entendido.