Baja laboral y declaración de la renta - asesoria online autonomos

Buenos días, soy autónomo y pago la base de cotización de 2000€
Estoy de baja laboral hace en Julio 3 años por lo cual tengo solicitada una incapacidad 
Este año al hacer la declaración de la renta me sale a pagar 1600€ y me dicen que aunque la mutua a tributado durante el año 1155€ aún así me sale a pagar porque este año se cuenta como ingreso las cuotas a la seguridad social que la mutua abona por mi .
Yo no salgo de mi asombro y mi pregunta es 
Esto es correcto ??
No quedábamos en que la cuota de autónomos solo se paga los 3 primeros meses?
Gracias anticipadas por su respuesta