Alta autónomo residente con o sin convenio

Buenos días,

Soy extranjero residente de forma permanente en España y me he dado de alta en Autónomos como residente con convenio con mi país de origen, pero realmente no recuerdo haber hecho el alta siempre así. Si no me acuerdo mal, me daba de alta sin convenio, y no entiendo la diferencia entre ambas cosas. Me gustaría saber cuál es la diferencia entre las dos cosas y si es mejor darme de alta con convenio o sin él, siendo trabajador solamente en España. 

Muchas gracias.