Creo que no me has entendido.
Hacienda tiene los datos fiscales que les manda el Banco de España o Tesoro Público, y efectivamente, en el ejemplo que indicas, en los datos fiscales te pone "Amortización 1000 €", pero no te pudo llegar 1000 €, a ese importe debes quitarle la comisión de la transferencia (0,15%). Es más, te tuvo que llegar 998,5 €. Por tanto, debes corregir el borrador o la declaración de la renta, e indicar que la venta o amortización de la letra es de 998,5 € y no de 1000 €. Es evidente que para 1,5 € es insignificante, pero para 100.000 € son 150 €, que ya no lo es.
Si reinviertes, tienes que tener valor de la compra y valor de la venta/amortización, y declararás la ganancia el año que se produzca dicha venta. Supongamos que se ha producido en 2023. El valor de la compra, no es el que te indica el borrador, pues no contempla la comisión de los sobrantes de reinversión. Imagina que has reinvertido 80.000 € a 6 meses, y que el Banco de España tiene que devolverte 1.200 € (que son los sobrantes de reinversión). Pues bien, no te llegarán 1.200 €, sino 1.198,20 €. En los datos fiscales te pondrá que compraste las letras por 18.800 € (20.000-1200), pero realmente la compraste por 18.801,8 €, que se corresponde con la resta de 20.000-1.198,20. Es fácil demostrar esto, pues tienes un resguardo del Banco de España por 1198,20€ y no por 1200€
No sé explicarlo mejor, lo siento.
Saludos.