Liquidacion provisional Renta

Familiar que no presentó la renta del 2010. Este año le llega una liquidación provisional con resultado a ingresar. En dicha liquidacion no habian tenido en cuenta los gastos de la actividad por lo que se presentan alegaciones Al mismo tiempo se presenta la renta correcta con resultado a devolver y ahora resulta que en la comunicación del pago de devolución han descontado el importe a ingresar que habia calculado inicialmente la Agencia Tributaria con sus intereses de demora. Revisando el expediente resulta que ni figuran los escritos de alegaciones presentados ( aunque nosotros tenemos los justificantes de presentación) y hay dos expedientes de Renta correspondientes al mismo ejercicio. Se puede hacer algo ? Creo que ya esta fuera de plazo. Gracias