Primera o segunda baja laboral en un año?

Resulta que yo en octubre del 2016 cogí una baja por depresión que duró hasta mayo del 2017. Cobré todos los meses el 100% de mi nómina, puesto que en mi convenio se cita: 'Cuando el trabajador se encuentre en situación de incapacidad temporal por primera vez, dentro del año natural, percibirá de la empresa, en todo caso, un complemento a las prestaciones reglamentarias de la Seguridad Social a las que el trabajador tenga derecho. Este complemento es la diferencia entre la cuantía de la prestación y el 100% de la base reguladora del trabajador.'

El caso es que ahora en diciembre tuve que coger la baja del 28 al 30 de diciembre por una gripe pero me han descontado los 3 días de la nómina. Según otras fuentes y personas que he consultado, esta última sería mi primera baja del año natural, ya que la otra pertenece al 2016 aunque se haya prolongado hasta 2017 y que debería haber cobrado el 100%.

Agradecería que alguien me lo aclaráse si es así o no. Además, el día 27 fuí a trabajar pero me marché antes por la enfermedad, trabajé 4 horas y me faltaban 4 más, hice una media jornada pero también me han descontado el día entero y eso que me deben horas a mí. Hasta que punto esto es legal? Hay algo que pueda reclamar?