Para calcular el 3% de amortización del inmueble alquilado, se utiliza el mayor entre el valor edificado que tienes en el IBI, o el de compra incluyendo gastos de gestoría más notario (normalmente en la gestoría ya te han puesto todos los impuestos y demás, si no los sumas a mano).
Naturalmente siempre es mayor el de compra más gastos. Pero para calcular sólo el edificado, utilizas el porcentaje asignado en el IBI y lo calculas a tu valor de compra, pero no al de la tasación.