No es así, en la factura los autonomos nuevos tenemos los 3 primeros años un IRPF del 9% que es como el 60% de dto de los autonomos generales, por lo que en la factura debes indicar tu tarifa neta+21% iva-9%irpf.
La empresa ingresa el IRPF y tu el IVA, pero también puedes ingresar tu el IRPF con otro modelo trimestral y solo hacer la factura con el IVA.