Hola, djbeni.
A mi me pasó lo mismo en 2015 con unos bonos convertibles. La Agencia Tributaria me puso esta pérdida, de oficio, en la casilla 27, donde dice "Rendimientos procedentes de la transmisión, amortización o reembolso de otros activos financieros", dentro del apartado RENDIMIENTOS DEL CAPITAL MOBILIARIO A INTEGRAR EN LA BASE IMPONIBLE DEL AHORRO. Claro que lo mío eran bonos. Si lo tuyo son acciones, seguramente tiene que ir antes, donde pone "Intereses de cuentas, depósitos y de activos financieros en general". Pon la pérdida patromonial con un signo negativo y que te lo descuenten de la base imponible.
Un saludo.