Pago directo

Buenos días, acabo de recibir la resolución del tribunal médico sin haberme visitado, pues habrán visto que estoy a la espera de la cirugía y me han dado prorroga de 180 días, no se bien como funciona el pago directo, se supone que lo debo tramitar yo y no mi empresa, y he mirado en google y no se si a partir del 1 noviembre empezaré a cobrar el 70% de mi sueldo, es decir si ganaba 1100 euros ahora vendré a cobrar 770 euros? y si aun no me operan luego me quedo en 550 euros? Y si cobraba pagas extra en mi empresa, las dejo de cobrar también? Gracias