Baja laboral - Baja Laboral

Muy buenas! 
Después de estar de excedencia en una empresa en la que llevaba año y medio aprox. Vuelvo. 
Pero.. Me han operado en este último mes y han de volverme a operar seguramente el siguiente mes. 
Debo reincorporarme a la empresa porque se me acaba la excedencia. 
Para cobrar mi baja debo ir el primer día de trabajo y entonces al día siguiente coger la baja? 
O por haber estado de excedencia no me van a pagar aunque vaya un solo día a trabajar? 
Entonces que cobrare si hace meses que no estaba en esa empresa? 
Gracias!!