¿Solicitud de cobros indebidos?

Buenas noches, de nuevo por aquí foreros, tengo un problema y a ver si me podeis orientar alguno  , (no se si este foro es el mas indicado para ponerlo  pero si no lo podeis mover al sitio adecuado) con lo cual  paso a exponeros mi caso :

Mi sra en diciembre de 2013 sufre un accidente domestico que le hace estar de baja 11 meses con su correspondiente rehabilitación, a continuación le dan el alta y como le es imposible seguir trabajando , (ella es esteticista) reclamamos el alta indebida , llegando incluso a los tribunales, quedando desestimada. Esta sentencia ocurrió en abril de 2017 y durante todo ese tiempo ha seguido pagando su autónomo, esperando que saliese la sentencia y no dándose de baja en el autónomo por si había algún problema antes de ésta saliese y desgravandolo de la declaracíón de la renta. En mayo de 2017 ante la imposibilidad de poder seguir y una vez dictada  la sentencia, decidió dar de baja el negocio y acogerse al regimen especial , (cosa que desconocíamos que existía) ahora nos han hecho declaraciones paralelas de esos años y hacienda dice que eso pagos de autónomos no se pueden desgravar porque no ha habido actividad ( saliendo ahora nosotros mas perjudicados con la paralelas que nos han hecho, al no poder desgravar esos pagos a la tesorería de la seguridad social ).En el nuevo régimen especial por lo visto si se puede desgravar esas cotizaciones anuales. Mi pregunta es la siguiente : si tengo derecho a que me devuelvan esos pagos realizados a la seguridad social indebidamente al no tener actividad durante ese tiempo , o pedir que se me reconozca con carácter retroactivo (desde enero del 2014) al nuevo régimen especial que ella se acogió en junio de 2017, ese año de 2014 fue el primero en que ya no hubo actividad y al pago de la diferencia que hay entre ambos recibos.