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La capilla ardiente se instaló al día siguiente, 6 de septiembre, en la sede de la Subdelegación del Gobierno. Ese mismo día viajaron a la capital vizcaína Jaime Mayor Oreja, ministro del Interior, y Ricardo Martí Fluxá, secretario de Estado para la Seguridad. Todos los partidos políticos vascos, con excepción de Herri Batasuna, condenaron el atentado e insistieron en la imposibilidad de negociar con aquellos que tan sólo actúan mediante el asesinato. Enrique Villar, delegado del Gobierno en el País Vasco, calificó el atentado de “auténtica salvajada” y pidió a las fuerzas democráticas unidad para luchar contra este “cáncer” del País Vasco. El Partido Socialista de Euskadi aseguró en un comunicado que este atentado demostraba que “ETA es ciega y sorda, y no ve ni escucha el clamor del pueblo que le ha dicho, sin más, que desaparezca”. Carlos Iturgaiz, presidente del PP vasco, manifestó por su parte que “si ETA cree que va a conseguir algo con estos actos, se confunde; ya que con asesinos y su brazo político, HB, no hay nada que hablar ni negociar”.
Más interés tienen las declaraciones de los partidos nacionalistas, un año antes de que firmasen el pacto soberanista de Estella. Iñigo Urkullu, portavoz del PNV en Vizcaya, señaló que “ETA no ha sabido recoger el clamor y el mensaje” enviado por su partido y gran parte de la sociedad, que le emplazó a decretar una tregua tras el asesinato de Miguel Ángel Blanco. “Desgraciadamente, no nos sorprende este atentado, porque sabemos que la dinámica que le queda a ETA es matar, porque es lo único que sabe”, indicó. Sabiendo lo que sucedió posteriormente, sólo pueden calificarse de miserables y cínicas estas declaraciones de un miembro de un partido que, un año después, firmaría el Pacto de Estella con, entre otros, el brazo político de esos que sólo saben matar, en palabras de Urkullu. Fue precisamente el rechazo y la movilización social que provocaron el secuestro y asesinato de Miguel Ángel Blanco lo que asustó al PNV y lo que propició su acercamiento a Herri Batasuna. El Pacto de Estella o Lizarra agudizó la radicalización de los nacionalistas institucionales, propiciada por el miedo a que el fin de ETA los convirtiese en una fuerza vulgar, como ya analizamos a propósito del asesinato del concejal de Ermua. La evolución posterior de los acontecimientos permite afirmar que fueron el PNV y los demás partidos nacionalistas vascos los que vinieron a rescatar a ETA del acoso al que la sociedad y los partidos políticos no nacionalistas la estaban sometiendo, un rescate en absoluto desinteresado.
En 1.999 la Audiencia Nacional condenó a 25 años de prisión al etarra Pedro (Kepa) del Hoyo Hernández como autor del atentado que acabó con la vida de Daniel Villar. Del Hoyo Hernández formaba parte del grupo Vizcaya de ETA, desarticulado tras la muerte de dos de sus dirigentes en un enfrentamiento con la Guardia Civil el 23 de septiembre de 1.997, pocos días después del asesinato de Daniel Villar. Los dos etarras muertos, José Miguel Bustinza Yurrebaso, alias Iván y El Viejo, y Salvador Gaztelumendi Gil, alias Gaizka, captaron a un gran número de etarras como colaboradores con la misión de facilitar alojamiento, robar vehículos, elaborar información de objetivos de la banda terrorista y guardar las armas y explosivos del grupo en lonjas alquiladas para ello.
La desarticulación del grupo Vizcaya llevó al banquillo a veintitrés etarras en febrero de 2.000. Antes de su desarticulación, el grupo Vizcaya cometió numerosos atentados, entre los que figuran el asesinato de los funcionarios del Cuerpo Nacional de Policía Modesto Rico Pasarín (el 17 de febrero de 1.997), Luis Andrés Samperio Sañudo (el 24 de abril de 1.997) y Daniel Villar Enciso, así como el del guardia civil José Manuel García Fernández (el 3 de mayo de 1.997).