Comprar vivienda matrimonio con separación de bienes.

Buenas.
Mi marido y yo queremos comprar un vivienda. Estamos casados en separación de bienes. Queremos comprar los dos al 50% pero él va a aportar más porque gana más. ¿Eso se puede hacer? Al tener separación de bienes, ¿ambos tenemos que aportar exactamente 50 % para poder comprar a medias? Es decir, sería como no estar casados ¿verdad? Si este es el caso ¿qué diferencia hay entre un matrimonio con separación de bienes y dos personas que no estén casadas?
Y he leído que hay un tercer régimen matrimonial, la participación en gananciales. ¿Que diferencia hay con la separación de bienes?
En el banco me han dicho que tenemos que justificar la procedencias de los fondos. Cada uno de su 50%. Aunque llevemos casados 20 años. No entiendo nada... Y si no se puede justificar habrá que escriturar 48%-52% o lo que corresponda. Me ha sorprendido mucho.

Efectivamente, si no vais a aportar lo mismo, lo correcto es comprar cada uno con el porcentaje que corresponda a lo que aporte. 
Estar en separación de bienes no implica que todo lo que se compra tenga que ser al 50%.

Lo que te dice Juan es así, para hacerlo correcto.
También hay que ver las cantidades. Te cuento mi caso, que no es correcto 100%, supongo, pero no tuve ningún problema y de momento sigo así. Con mi pareja no somos ni matrimonio, así que separación de bienes (por defecto en parejas de hecho). Ella puso unos 22.000€ más que yo en la entrada (11.000 me correspondían a mí) y 5.000 más para la reforma (2.500 me correspondían a mí). Todos los pagos los hicimos desde la cuenta común que abrimos para pagar la hipoteca. Yo ahora en esa cuenta pongo cada mes una cantidad más que ella para irle devolviendo lo que puso de más (por ejemplo, si la cuota es de 1000, yo pongo 600 y ella 400). Hace ya 3 años y el banco nunca nos puso ningún problema para que fuese al 50% la propiedad y Hacienda tampoco se ha quejado. Decir que lo que yo pongo de más no supera los 2000 € al año.

Cada uno teníamos nuestras cuentas independientes en el mismo banco de la hipoteca desde hacía años y quizás puede ayudar.

Aquí es posible que os pidan más datos si la hipoteca es en otro banco que no disponga de toda esa información o si tenéis una cuenta común donde ponéis todo vuestro dinero junto y ahora quieran saber qué % es de cada uno. Porque si uno mete 4 al mes y otro 1, solo el 20% de ese dinero será del que mete 1.

Muchas gracias por vuestras respuestas.

No le importa un pimiento al banco qué porcentaje de propiedad sea de cada uno. Si acaso, que no es nada habitual, hacienda podría tener interés si considera que hay donación de uno a otro.
Sin embargo, con alegar que en todo caso es un "crédito" pendiente de reintegrar más adelante, similar a lo que explica @mialen, incluso eso puede servir.

Es que yo no sé qué concepto tenemos ahora de las familias. Para mi una familia es un equipo, me da igual que uno gane más que otro, todo es de todos. Ahora no puedes ayudar a tus hijos, no puedes ayudar a tus padres, no puedes ayudar a tus hermanos... a no ser que cada vez que se tienda la mano para dar, "ellos" te quiten un dedo de los 5. ¡Enfin! Así es.... gracias de nuevo.