Factura de gastos con retención estando de baja censal

La retención nace cuando existe obligación de pago, no cuando existe contablemente esa factura.

Una cosa es que por la causa que sea, se pague de forma efectiva en el 2T 2020. Corresponde retener y declarar modelo 111 2T 2020. 
Otra cosa es cuando fueron realizados los trabajos, y cuando fue emitida la factura.

Si tú has procedido a hacer una baja censal, teniendo aun asuntos que declarar y liquidar con hacienda, quizás hiciste algo raro.

En todo caso, como esto es una obligación que surje por terceros, hacienda no podrá problemas si declaras y liquidas. Aunque no exista obligación censal. No es nada extraño que un autónomo no tenga dado de alta la obligación del 111, y que reciba una factura, aplique la retención un trimestre, y luego declare el modelo anual. Se entiende que no existe ninguna obligación "periodica", y que si la cosa es ocasional, presentando los papeles a tiempo y pagando lo debido, ya cumples.