Iva pagado la retencion no del todo

Hola buenas
Tengo un local  alquilado en el 2019 todo el año y yo he pagado el IVA  de todo los trimestres ,cual es mi sorpresa que mirando los datos fiscales, el arrendatario solo ha pagado de  retencion 9 meses y es que no me digo que se habia dado de baja en su actividad ,pero seguia en el local, y por eso me seguia pagando¿que puedo hacer y que nos puede pasar si hacienda investiga sobre los pagos?,Por que yo he pagado de mas y el otro de menos,gracias de antemano

Tú no has pagado de más. 
Tú pagas el IVA, que se devenga sobre la base imponible del alquiler.
Esa base imponible no varía para nada tanto si hay retención como si no hay retención.
El inquilino, si desarrolla una actividad económica, una parte de lo que te tenga que pagar por la renta (el 19 % en concreto), no te lo debe pagar a ti, sino a hacienda.
El resto, el 81 % de la renta, junto con el IVA, te lo debe pagar a ti.
Si deja de ejercer una actividad económica, entonces te debe pagar a ti el 100 % de la renta, y el IVA.

Puede que por despiste o inercia, el inquilino te siguiese pagando el mismo importe neto final, y lo que antes eran retenciones ahora no te los entregó.
En ese caso, debes reclamarle al inquilino esos atrasos.

Tu debes declarar en el IRPF por la totalidad de la renta bruta, con o sin retención, y añadir el dato de las retenciones que hayan sido efectivamente pagadas a hacienda (las de enero a septiembre, que son las que le constan a hacienda).

Gracias otra vez y  por tu tiempo,aclarado