¿Como debo declarar donación mensual que recibo en mi cuenta desde hace casi 4 años?

Bien, yo doy por hecho que los de la beca no me van a hacer caso. Los de la universidad ya me la denegaron porque según ellos no acreditaba la independencia. He puesto el recurso adjuntando el extracto de saldo bancario de diciembre de 2012 (que no lo habia puesto) y me han dicho eso de que no se lo creen y que van a pedir al ministerio que cruce datos. Como seguramente seguiran sin hacerme caso, pondre el recurso de reposicion, que tampoco sirve para nada porque igualmente vuelve a la misma seccion de becas de la universidad, y posteriormente solo queda reclamar en contencioso administrativo, donde ahi si espero que me den la razon, aunque lleve la tira de tiempo.

Ahora bien, dado que yo en ningun momento he declarado donaciones ni nada, ¿puede ser que por el tema de la beca se pongan a mirarme y me busquen el lio? En tal caso, ¿como puedo regularizar mi situación dado que yo no sabia nada y aplicarme la desgravación del 99% del impuesto en Madrid? Yo había pensado declarar directamente una donación por todo el importe acumulado como si me la hicieran ahora, o simular que todo esto ha sido un prestamo y que simplemente ahora "acordaramos la condonación" del prestamo con lo que si sería una donación a fecha de hoy, aunque anteriormente no hemos registrado ningún documento en ningún lado. Si eso fuera posible simplemente me pondría al día con eso y ya está.

Independientemente de todo esto, ¿me conviene declarar las donaciones a partir de ahora o ya no?

Para declarar la donación, lo que se puede hacer es una aceptación del total en escritura pública, indicando que te han ido ingresando las cantidades mensualmente y aportando justificantes bancarios de las transferencias, esto porque hay que acreditar el origen de los fondos.
El problema viene por lo que te dije antes de los plazos, si bien a nivel de doctrina una donación se considera efectuada con la aceptación, es decir se devengaría a efectos del impuesto el día de la escritura, hay CCAA que consideran que la fecha de la transferencia es la del devengo, lo cual indicaría que la mayoría estaría fuera de plazo y no se aplicaría la bonificación. Además está el asunto de la aceptación tácita, si te has ido gastando el dinero, se puede considerar que lo has aceptado, lo que le da otro argumento a lo de la fecha de la transferencia y en contra de la de la escritura. Te puede pasar de todo según el criterio que sigan.
Respecto a hacerlo como la condonación de un préstamo, se puede intentar, pero al no haber pasado previamente el contrato por la Hacienda de la CCAA, poco valor justificativo tiene, es probable que no lo aceptaran como válido y tampoco sirviera.
A partir de ahora, si vais a seguir haciéndolo, yo lo haría acumulando por ejemplo los ingresos de un año en una única transferencia y declarándola en donaciones en plazo con la bonificación.

Lo de la beca no se te va a arreglar, porque tú mismo estás admitiendo que recibes un dinero de tus padres, ( los 350 euros ). Por tanto, NO eres independiente.
Además, ya te dije cuál es el criterio utilizado para acreditar independencia económica: tener ingresos. Y sobre esto, en el ministerio tienen ya muchos recursos presentados.

No veo la necesidad que tienes de complicarte la vida considerando los 350 euros de tus padres como una donación ( lo cual confirmaría fiscalmente tu falta de independencia )

Sobre lo de la beca si estoy informado. Si tu recibes una donacion, ese dinero pasa a ser automaticamente un recurso economico propio. Ademas en mi caso mis padres me pueden ayudar por voluntad propia, no por obligacion, ya que si has leido lo que he dicho antes, fui yo el que se independizó y se puso a trabajar y luego deje de trabajar y me puse a estudiar nuevamente al cabo de varios años.

A efectos de la beca eso es irrelevante, ya que solo se consideran los ingresos de los padres si vives con ellos o si "resides fuera del domicilio familiar", es decir, que por ejemplo tu domicilio familiar este en Cuenca y te hasta venido a estudiar a Madrid pero sin haber dejado de depender de tu familia en ningun momento, caso que como te digo no es el mio, ya que yo me fui de casa de mis padres para vivir mi vida con mi propio trabajo y lo de ahora es simplemente una donacion totalmente voluntaria.

¿Que los funcionarios de las becas de la universidad te la deniegan porque no se lo creen? Ese es su problema, en principio ellos tienen que aplicar la ley, y si yo presento contrato de alquiler, empadronamiento, certificado de la renta-imputaciones y una cuenta con dinero a mi nombre los recursos economicos propios ya los tengo acreditados. Ellos pueden no hacerme caso, pero en un juzgado contencioso-administrativo aplicandose la ley me estimarían el recurso (he consultado varias sentencias al respecto y así es).

En cualquier caso, ante la clara posibilidad de que crucen datos hacienda y demás por peticion del ministerio de educacion, ¿que debo hacer con lo que me han estado dando? ¿Lo declaro como donaciones atrasadas y segun me dicen en ese caso me quedaría sin la bonificacion teniendo que pagar unos 1200 euros aproximadamente? ¿Lo hago como un prestamo condonado y lo declaro a fecha de hoy? ¿Directamente no hago nada y espero que nadie me venga a buscar las vueltas?