¿Somos conscientes de donde se paga el IVA de nuestras compras on-line?

Es que no has comprado, en el sentido de adquirir la plena propiedad de la cosa, sino que has adquirido el derecho de uso, y eso viene a ser un arrendamiento temporal.
Y los arrendamientos son prestaciones de servicios.
El impuesto está bien aplicado, según las normas.
Si compras un ordenador en una tienda on-line de Luxemburgo o Irlanda, como consumidor español, verás que te aplican el IVA español.