Factura emitida con numeración equivocada

Buenas tardes.
Revisando las facturas emitidas, me he encontrado con una que no sigue la numeración; por alguna razón desconocida, el programa le otorgó un número y fecha distintos a los correspondientes. El problema es que posteriormente a esta hay muchas otras facturas emitidas, con lo que no se como proceder para solventar el error. Luego he visto que lo mismo ha ocurrido con otras facturas, más adelante.
Hasta el momento he emitido facturas rectificativas para corregir errores, las cuales tienen una enumeración a parte, pero no se como debo proceder en este caso.
Alternativamente, es posible llevar una enumeración interna, e indicar la referencia en un documento adjunto o algo parecido?
Gracias de antemano.

Edito: No se si me he explicado bién, parte de la duda que número y fecha tengo consiste en no saber qué número debo otorgar a la factura.
Gracias.