IVA Canarias

Buenas tardes a todos, tengo una duda respecto al cargo del IVA en una factura comercial que espero pueda ser respondida con vuestra ayuda:

Una empresa de Murcia vende mercancía a una empresa de Madrid. La mercancía viaja directamente a las Islas Canarias sin pasar por Madrid, lugar donde será utilizada. No obstante, es la empresa de Madrid la que lleva a cabo el pago de la misma y recibe una factura.

El problema es el siguiente: la empresa de murcia dice que no carga el IVA en la factura a la empresa madrileña por ser la mercancía recogida en las islas canarias (territorio localizado fuera del territorio del IVA Español). Sin embargo, la empresa madrileña se pregunta el por qué, ya que de esta manera no podrá desgravar el IVA posteriormente pese a encontrarse dentro del territorio peninsular.

Espero que haya quedado más o menos claro y que alguno de vosotros pueda ayudarme a resolverlo.

Muchas gracias de antemano,

Saludos