Duda en Retenciones 2015 - IRPF

Tengo una duda con el cálculo de retenciones que me está practicando la empresa que creo que lo está haciendo mal, para este 2015.
Os explico. A partir de este año tengo el seguro médico incluido en la nómina como pago en especie y es la misma empresa la que hace el pago de la cuota a la aseguradora. Según ley hay un máximo de 500 euros por persona y año exentos de tributación por IRPF si el seguro médico se paga incluido en la nómina como pago en especie. Esto es así y está correcto en la nómina.

Pongo cantidades ficticias para el ejemplo:

Retribuciones:
Retribuciones 950 euros
Retribuciones en especie 50 euros (seguro médico)

Deducciones:
pago seguro médico (50 euros) (lo descuentan porque lo paga directamente la empresa)
Otras deducciones, seguridad social, desempleo... etc.

Total B.C.C (Base de cotización a la seguridad social) 1000 euros
Total Base IRPF 950 euros (faltan 50 euros que son los exentos de tributación por el pago en especie del seguro médico)

Hasta aquí todo está correcto y estoy de acuerdo.

El problema está en que el % de retención que aplican de IRPF en la nómina es la que correspondería a hacer el cálculo tomando como base IRPF el total devengado (en el ejemplo ficticio 1000 euros, cuando en realidad deberían tomar como base, entiendo yo que 950).

Si hacemos los cálculos de 12.000 como base en el programa de la AEAT de Retenciones 2015, o si en cambio tomamos como base 11.400, pues nos saldrán retenciones diferentes.

Es correcto que para calcular la retención IRPF estén tomando como base el total, incluyendo las cantidades en especie exentas de IRPF? No sería más correcto utilizar como base el importe (anual) catalogado como base IRPF en la nómina? Las retenciones os aseguro que varían y en mi caso en un 1,5% que me fastidia pagar por adelantado sabiendo que me devolverán todos estos importes un año y medio más tarde en la declaración de renta 2015 de junio de 2016...

muchas gracias de antemano.

P.S: Si no es mucho pedir también, si alguien conoce algún documento oficial de hacienda donde lo explique claramente para reenviar dicho enlace a los responsables de nóminas de la empresa.

No entiendo te lo abonan por un lado y te lo descuentan por otro?

Sí, lo abonan en especie y lo descuentan porque són ellos los que pagan directamente a la aseguradora.

Si te lo descuentan es porque lo pagas tú.

Correcto lo pago yo (aunque ellos hacen el trámite y el dinero ya no pasa por mis manos, por eso es un pago en especie, es como si en lugar del dinero me dan una cuota de una póliza de seguro a mi nombre). Tal vez no me he explicado bien.

Pero esa no era la pregunta. Lo que yo pregunto es que, dado que esta cuota del seguro médico está exenta de IRPF, si en el cálculo del % de retención debería basarse en el bruto - cuota del seguro, en lugar de basarse en el bruto total como hacen ahora.

gracias.