Plusvalía municipal doble

Igual me confundo pero ... si pagó hace más de 4 años no resulta viable que le exijan ahora la diferencia.

La Administración (ayuntamiento de donde sea) puede girarle una liquidación revisada pero dentro de los 4 años siguientes al plazo para presentarla. Que alegue prescripción de la deuda si realmente nada le han dicho en todo ese tiempo.

Lo que legalmente no puede alegar es que "si lo llega a saber" hubiera renunciado. "A lo hecho, pecho".

De todos modos alguna confusión tienes porque hablas de "Agencia tributaria", que podría ser del Ministerio de Hacienda o de la Generalitat de Catalunya, pero no conozco ningún ayuntamiento que llame así a su organismo tributario. Y la plusvalía es municipal no estatal ni autonómica. Por tanto puede que no sea la plusvalía lo que le piden y si el Impuesto de Sucesiones (competencia de la Generalitat), al que se le aplica el mismo período de caducidad de 4 años desde que se presentó (o debía presentarse) la declaración y siempre que no haya habido alguna notificación intermedia.

Exactamente que es lo que le piden a tu padre,
-La plusvalía municipal del ayuntamiento
-Sucesiones (Agencia Tributaria de Catalunya)
Son los dos únicos impuestos imputados en caso de fallecimiento.

Tanto sea uno como otro, contando desde la fecha de fallecimiento, son cuatro años y seis meses, pasado ese tiempo queda prescrito.

No deben haber pasado 4 años desde la liquidación original puesto que entonces no le habrían girado la complementaria, hay que tener en cuenta que hay expedientes que entre liquidaciones, requerimientos, declaraciones de adición y demás, permanecen vivos fiscalmente mucho mas de 4 años.
El caso es que parece que le liquidaron por valor declarado y ahora por valor comprobado. Quedan las alegaciones respecto a dicha propuesta y luego el recurso o la tasación pericial contradictoria, que puede que en este caso salga a cuenta presentarla si hay posibilidades de bajar la valoración de la Administración.