Por el inmueble no alquilado , si tendrás Renta Imputada en función de su valor catastral y será el 2% o el 1,1% en función de si la localidad donde se encuentra tiene actualizados los valores catastrales, o no.
En tus Datos Fiscales tendrás estos datos y si utilizas el PADRE los incorpora automáticamente.
Por el que esta en alquiler , tendrás que demostrar que solo cobras 1/3 de las rentas en contrato, para tributar por estos rendimientos y además el inquilino debería haber ingresado las retenciones que en tus recibos le debías haber aplicado.
En este caso seria mas practico modificarle el Contrato y rebajárselo a la cantidad que pueda pagarte, si estas conforme, ya que la forma actual, la AEAT te puede poner problemas a la declaración de solo los recibos cobrados , sin que hayas actuado legalmente contra el inquilino por moroso.
Saludos