Yo lo haría así.
De los porcentajes que expones, entiendo que la situación no es que corresponda a dos sectores diferenciados, con y sin deducción de IVA, sino a la realización ocasional (aunque se reitere en el tiempo) de alguna prestación exenta de IVA (sin derecho a deducir).
Si la empresa tiene dos sectores diferenciados, sería reglamentario aplicar la prorrata en cada trimestre, según las normas.
Si la empresa tiene solo un sector, pero con actividades habituales sujetas, y alguna ocasional exenta, y eso hace que al final de ejercicio aparezca la prorrata, entiendo que solo es pertinente, en su caso, aplicar la regularización de IVA que corresponda una vez hayamos constatado que habrá prorrata (final de ejercicio).
Salvo que nos pongamos de un formalismo extremo, por una diferencia de un 1% en el IVA deducible, no se ver que exista un verdadro perjuicio a la hacienda pública, ni en recaudación, ni en información.
la plus belle des ruses du Diable est de vous persuader qu'il n'existe pas!