Primero le explicaré que es un pagaré ;)
Creo que el pagaré no a la orden evita su poibilidad de endoso, por lo que por un lado te puede ahorrar los timbres, pero por otro lado impide al banco a actuar contra el librado... No sé si tiene más repercusiones, pero por otros "rumores" del foro, puede que sí.
Primero que el endoso no es posible, solo es posible la cesión a una entidad financiera y ultimamente muchas entidades dicen que "na nay", y luego no sé si a efectos ejecutivos se pierde algo por parte del empresario tenedor.
http://www.pymesyautonomos.com/consejos-practicos/el-descuento-de-pagares
En google no encuentro nada que diga que con esta claúsula se minora su acción ejecutiva, todo lo que veo tiene relación con la posibilidad de endoso.