No, porque evidentemente la única en propiedad, es tu vivienda habitual y en este apartado está exceptuada la vivienda habitual.
El empadronamiento es una incripción a nivel de ayuntamientos y de censo electoral, pero a efectos de declaración renta, el relevante es el domicilio fiscal que se puede cambiar rellenando el impreso 030 en una delegación, que en tu caso, es mejor que conste el domicilio con la vivienda en propiedad en Málaga, al principio también de la declaración.
Esto es lo más razonable, aunque si nos atenemos a una estricta interpretación, la habitual sería en la que pasas la mitad más 1 de los días en el año, pero nadie ni te va a controlar, ni te a pedir que cronometres donde pasas más tiempo, por sentido común.
Un saludo