Las comisiones (gestion y deposito) ya van detraidas diariamente del VL del fondo. No tienes que recalcular nada para ver la rentabilidad final.
Sobre el IRPF, no hay que calcular una media. Dependera del volumen de la plusvalia y del tiempo. Puede ser 21/24/27/Tipo marginal.
Pego foto y enlace a cuadro de fiscalidad de productos financieros 2014:
https://www.bolsasymercados.es/esp/publicacion/revista/2014/05/Guia_Fiscal_01.pdf
Con lo cual, no es necesario hacer ninguna estimacion media subjetiva. Está ya tasado. Quizás con una hoja excel te facilite las cosas. Si se de alguna, te informo.
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