Baja laboral y fin de contrato

Buenas tardes, soy funcionaría interina, profesora. Estoy de baja por enfermedad que derivó en cirugía y tratamiento. Los médicos me dicen que tengo que seguir de baja unos meses más. Mi pregunta es sie trabajo termino el 30 de junio aunque cobro los meses de julio y agosto, luego qué pasa? Sigo cobrando? Cuando tengo que pedir el paro?