Portes en factura ventas

Hola:

Una pequeña duda que me surge a la hora de hacer una factura:

Si a mi me cobran portes en factura a la hora de comprar mercaderías, como le tengo que facturar yo esos portes a mi cliente? Puedo ponérselos como concepto de portes o no sería esto correcto? Yo contablemente tendría que poner todo como coste de producto, pero a la hora de vender, el margen que utilizo lo tengo que hacer sobre el coste con el porte incluido o sobre el producto y luego le sumo los portes al precio que me ha salido?
Yo entiendo que lo correcto es lo primero, pero en determinadas situaciones no lo veo muy lógico, pongo ejemplo:
Compro un lápiz a 1€ y lo vendo a 2€ aplicando un 100% de beneficio, si a mi me cobraran 5€ de portes para mi el coste de ese lápiz sería de 6€, pero en este caso si le aplico un 100% de beneficio el precio del lápiz sería de 12€, es decir, le estaría sacando al porte un beneficio también. Pero es que de la otra manera, si yo le cobro el lápiz a 2€ y le sumo el porte tal cual, lo vendería a 7€, pero esto tampoco sería correcto, imaginemos que le quiero aplicar un descuento, en este caso se lo aplico también al porte.

Espero haberme explicado bien, espero vuestras opiniones.

Saludos