Pues mira. No está claro. La comisión semestral se cobra por el servicio durante ese semestre. Creo que es irrelevante que te la cobren al principio o al final de él. Lo que se suele hacer es cobrarlo al final, pero podrían cobrarlo perfectamente al principio. No hay mucha diferencia, por eso cuando se cancela la cuenta en muchos sitios si no te la han cobrado el ordenador la cobra en ese momento.
A lo mejor algunos bancos lo hacen e incluso puede que el Banco de España lo defienda, pero no creo en partir la comisión según el tiempo usado. Si la comisión está establecida y se cobra por periodos trimestrales, mensuales o semestrales ESA ES la comisión de ese periodo, aunque solo haya pasado 1 día. Es como pedir una copa en un bar y exigir que te devuelvan pasta porque solo te has bebido la mitad de la copa.
Además que reclamar importes tan pequeños es de miserables y parecerás un tío más bien rarito... (Aunque muchos penséis que al banco ni agua, pero después pagais 1,50 por café y dejáis propina...)