¿Cual debe ser la base real del IVA-IRPF en el alquiler de un local comercial?

He alquilado un local de mis padres (a otra persona) para un bar, como le faltaba bastante maquinaria,hemos llegado al acuerdo de que el inquilino la compraba (mayormente de segundamano) y el gasto lo descontabamos del alquiler mensual durante el primer año ( y la maquinaria pasaria a ser propiedad del local cuando el se fuese),para hacernos una idea la renta serian 800€ y la maquinaria habria costado 3600€, con lo que habria que descontar de la renta 300€/mes.
¿Cual seria la forma mas correcta de hacer los trimestrales tanto, el inquilino como mis padres? yo creo que la base a la que sumar/descontar iva-irpf seria 500€/mes (800€-300€ de maquinaria)seria correcto, o la base tendria que ser la original de 800€/mes y eso ¿ valdria tambien para la declaracion de la renta de 2012 (a presentar en junio de 2013)? osea los ingresos a declarar serian los 500€/mes cobrados realmente o los 800€ originales.
P.D: todo viene especificado en el contrato en el contrato

La base imponible del IVA debería ser la contraprestación nominal acordada, 800 €.

En el IRPF ya hay más dudas, pues lo que efectivamente satisface, en dinero, el arrendatario son 500 €, pero también hay que considerar que os está pagando 300 € en especies...

¿Y si yo hubiese comprado esa maquinaria me podria haber desgravado el IVA, asi como una minoracion de los ingresos en el IRPF como gastos para la adecuacion del local?
Si los recibos son de 500€/mes y yo delaro 800€ no puede que a hacienda le salte alguna alarma?
saludos

Una posibilidad, dado la libertad de pactos de arrendamientos de locales, es pactar un arriendo de 1 año, a 500 €/mes. Y dentro de 1 año, el negocio cierra dia, y haceis un nuevo contrato por los 800 €/mes.
La maquinaria que el inquilino aporte, al ser bienes muebles, si teneis la posesión de buena fe se entiende que son vuestros.

En todo caso, si la base a declarar son 800, los recibos deberían ser de 800, aunque luego lleven un descuento o abono de 300.