Me temo que no lo entiendes, ni con el ejemplo , procurare decirlo de otra manera.
Ejemplo :
Tienes que tramitar una Herencia y acudes a una Notaria, esta te solicita a cuenta de los trabajos que tiene que realizar, un ingreso a cuenta de la liquidacion final, para cuando termine el trabajo.
Tu les ingresas 5.000 euros y te dan un recibo por este adelanto ( esto es la Retencion fiscal)
Termina el trabajo y te presentan una Liquidacion ( esto es la Declaracion del IRPF), detallando sus costes ( esto es la cuota tributaria), la liquidacion final es de 25.000 euros.
Si todo esta conforme, tu entregas el recibo de 5.000 y les pagas la diferencia de 20.000, quedando zanjada la Liquidacion. ( esto es la Declaracion cerrada)
Pero despues, ves que hay un trabajo que no te corresponde, por un error con otro cliente de la Notaria, este error supone un coste de 2.000 euros ( esto es anular la renta de los bonos por su Bruto que en la Declaracion genera una cuota de xxxx euros).
La Notaria rectifica la Liquidacion donde el importe nuevo es de 18.000 y como esta pagada , te devuelve 2.000 euros del coste del trabajo que no te corresponde... (correcto no)
Pues en el simil de este error de coste con la Hacienda , es que la renta que no tienes que declarar por el Bruto de los bonos cobrados, y aplicado la norma tributaria y su Tarifa, supone una disminucion de la Cuota Tributaria de 500 euros, que es lo que hacienda te ha de devolver, pero de la retencion (entrega a cuenta) no tiene nada que hacer, ya que se aplico en su momento del cierre de la Declaracion.
Si coges el concepto de anticipo que es la retencion , entenderas que no afecta a tu coste fiscal.
Saludos