Heloise;
Según la ley de control de fraude debes reflejar en la escritura pública de comprventa los medios de pago así que en principio indiferente... pero como siempre deja rastro lo mejor es por un medio bancario (cheque, transferencia, etc)por si algún dia hay problemas, y que se indique en el cheque el destinatario (es decir este cheque para pepito, este cheque para zutanito y este pera Heloise). si es en documento privado siempre por medio bancario para que no haya suspicacias posteriores (y problemas con el comprador).
De todas formas si utilizas dinero no bancarizado tendría mucho cuidado, ya que la AEAT está haciendo controles de movimientos de tarjetas, etc, que no cuadren con el dinero que ellos tienen contralado o conocen...