La subjetividad del valor no es, en absoluto, incompatible con la idea de "valor intrínseco" de una compañía. Me parece más bien un problema léxico que conceptual.
El valor intrínseco es una cotización a largo plazo de la empresa suponiendo que los inversores concedan importancia a determinados elementos de la compañía, básicamente su flujo libre de caja futuro. El precio de la acción tenderá al "valor intrínseco" porque asumimos que todos los inversores conceden, se den cuenta o no de ello, importancia a esa característica. Se trata de una hipótesis realista en mercados donde la gente participa para ganar dinero y, sobre todo, existe una población muy amplia.
Pero el valor sigue siendo subjetivo, en la medida en que los inversores podrían mostrar su reticencia a adquirir acciones de determinada compañía por motivos éticos (pensemos en los fondos católicos, islámicos, ecologistas...) y, si fueran suficientemente importantes en número y capital, mantener las cotizaciones permanentemente por debajo de lo que consideraríamos su "valor intrínseco".